Clarias camerunensis adalah salah satu spesies ikan endemik yang hanya ditemukan di perairan Kamerun. Penelitian terbaru telah berhasil menentukan genom mitokondria ikan ini, yang memberikan wawasan penting tentang evolusi dan hubungan filogenetiknya. Genom mitokondria berbentuk lingkaran ini memiliki panjang sekitar 16.511 pasangan basa (bp) dan terdiri dari 13 gen pengkode protein, 2 ribosom RNA, 22 transfer RNA, dan satu wilayah kontrol yang kaya akan basa AT.
Mitogenom dari Clarias camerunensis memiliki kecenderungan AT yang mencolok, dengan konten AT mencapai 56,89%, sebuah karakteristik yang dibagikan dengan spesies Clarias lainnya. Dalam genom mitokondria ikan ini, gen-gen ini tersebar di heavy chain dan light chain. Heavy chain mengandung 28 gen, sementara light chain terdiri dari ND6 dan delapan gen transfer RNA (tRNA). Seperti halnya dengan spesies Clarias lainnya, genom mitokondria ikan ini memiliki komposisi basa AT yang tinggi, mencapai 56,89%. Hasil analisis perbandingan menunjukkan bahwa kebanyakan spesies Clarias memiliki 6 daerah yang tumpang tindih dan 11 daerah tanpa gen yang tumpang tindih. Sebagian besar gen pengkode protein (PCG) diawali dan diakhiri dengan kodon awal ATG dan kodon stop TAA, secara konsisten. Gen tRNA pada ikan ini membentuk struktur sekunder berbentuk daun trefoil yang khas, kecuali trnS1. Penempatan domain-domain konservatif di dalam wilayah kontrol mirip pada semua spesies Clarias, meskipun terdapat variasi nukleotida yang tinggi pada CSB-I (Control Region Sequence Block I).
Analisis filogenetik berdasarkan matrilineal menggunakan metode likelihood maksimum dan Bayesian secara tegas memisahkan semua spesies Clarias menjadi lima kelompok berdasarkan distribusi geografis mereka, termasuk wilayah Selatan China, Sundaland, Indochina, India, dan Afrika. Hasil analisis TimeTree mengungkapkan bahwa dua kelompok utama (Indo-Afrika dan Asia) spesies Clarias mungkin telah terpisah selama Paleogen (sekitar 28,66 juta tahun yang lalu). Temuan ini mengindikasikan bahwa pemisahan spesies India (C. dussumieri) dan spesies Afrika (C. camerunensis dan C. gariepinus) terjadi selama Paleogen, begitu pula pemisahan spesies China Selatan (Clarias fuscus) dan spesies Sundaland (Clarias batrachus) dari spesies Indocina (Clarias macrocephalus) selama Neogen melalui kolonisasi independen.
Memahami sejarah biogeografis spesies Clarias sangat penting untuk mengungkap perjalanan evolusi mereka. Penelitian ini juga mengungkapkan bahwa faktor topografi dan peristiwa geologi memainkan peran penting dalam menentukan sejarah evolusi spesies Clarias. Tabrakan lempeng India dengan lempeng Eurasia dan kemudian naiknya Dataran Tinggi Himalaya-Tibet memainkan peran penting dalam membentuk hubungan biogeografis dari ikan lele ini. Selama 10 juta tahun terakhir, pergerakan tektonik India yang memisahkan dari benua Afrika dan tabrakan dengan benua Eurasia memengaruhi pertukaran biota antara kedua benua ini. Hasil penelitian ini mendukung hipotesis bahwa kolonisasi independen memainkan peran penting dalam evolusi spesies Clarias di Afrika dan Asia dan kesamaan genetik antara spesies Clarias India dan Afrika mengindikasikan jaringan kompleks pertukaran biotik selama rentang waktu geologis.
Namun, penting untuk diingat bahwa data mitogenom ini hanya mewakili informasi terkait gen secara maternal, dan analisis molekuler ini harus diperkuat dengan data nuklear untuk memberikan gambaran yang lebih lengkap. Selain itu, penelitian lanjutan dengan penggunaan mitogenom dari sejumlah besar spesies Clarias dari berbagai lokasi geografis akan memberikan pemahaman yang lebih baik tentang diversifikasi sebenarnya dari spesies-spesies ini di negara-negara Afrika dan Asia.
Studi ini menekankan pentingnya menjaga keragaman genetik pada spesies Clarias, yang telah menunjukkan keragaman tersembunyi yang luar biasa di alam. Data genetik yang disajikan di sini menyoroti perlunya penyaringan genetik yang komprehensif, terutama dalam konteks praktik akuakultur dan upaya reintroduksi spesies. Kekayaan genetik spesies Clarias menjadi kunci untuk konservasi berkelanjutan dan akuakultur mereka.
Temuan ini memberikan kontribusi yang signifikan untuk pemahaman tentang sejarah evolusi spesies Clarias, yang penting untuk konservasi biodiversitas dan manajemen sumber daya perikanan di kedua benua ini. Selain itu, hasil penelitian ini juga mendukung perlunya analisis genetika yang lebih komprehensif dari spesies Clarias.
Penulis: Muhammad Hilman Fu’adil Amin, S.Si., M.Si., Ph.D.
Jurnal: Mitochondriomics of Clarias Fishes (Siluriformes: Clariidae) with a New Assembly of Clarias camerunensis: Insights into the Genetic Characterization and Diversification
