Salah satu indikator kesehatan suatu ekosistem perairan adalah keanekaragaman hewan air yang hidup di kawasan tersebut, seperti ikan. Hal ini menunjukkan bahwa perairan tersebut berperan penting dalam menyediakan habitat dan produktivitas primer yang mendukung kehidupan. Khususnya pada ekosistem terumbu karang, kehidupan ikan karang merupakan bagian penting. Mendukung simbiosis antara ekosistem karang dengan biota yang hidup di sekitarnya, termasuk ikan karang. Selain itu, keanekaragaman hayati ikan juga sangat penting dalam mengevaluasi kondisi lingkungan. Kondisi keanekaragaman hayati yang terdapat pada suatu kawasan merupakan informasi penting untuk memahami proses ekologi dan interaksi yang terbentuk, termasuk kajian yang penting dalam mendukung pemantauan kerusakan lingkungan dari aspek biologisnya. Salah satu kawasan laut penting di perairan Kabupaten Manokwari adalah Pulau Lemon dan Pulau Mansinam.
Kajian keanekaragaman ikan di daerah ini masih sangat terbatas. Saat ini kawasan pesisir pulau-pulau tersebut hanya dijadikan sebagai lokasi penangkapan ikan tradisional dengan jenis ikan kerapu dan ikan karang. Penelitian sebelumnya juga mengungkapkan bahwa hiu berjalan (Hemiscyllium galei) juga ditemukan di kawasan ini. Selain untuk kegiatan memancing, kawasan ini masih banyak dikunjungi wisatawan domestik untuk kegiatan wisata spiritual dengan peninggalan sejarah yang cukup mendapat perhatian masyarakat setempat. Wisatawan domestik yang berkunjung ke kedua pulau tersebut karena akses yang dekat dari ibu kota kabupaten. Dampak dari kegiatan ini dirasakan dengan adanya limbah domestik berupa sampah plastik dan bahan organik yang menekan ekosistem perairan Pulau Mansinam dan Pulau Lemon.
Salah satu kajian tentang dampak kerusakan terumbu karang telah dilakukan sebelumnya. Ekosistem terumbu karang di kedua pulau tersebut menunjukkan tutupan terumbu karang yang sangat rendah dan masuk dalam kategori rusak cukup parah. Dengan demikian, diperlukan kajian pendukung lainnya untuk mengumpulkan database keanekaragaman spesies ikan karang yang masih dapat ditemukan di kepulauan ini. Penelitian sebelumnya telah mendokumentasikan jenis-jenis ikan di kawasan Pulau Mansinam dan ditemukan 15 marga (belum dipublikasikan). Namun pendekatan kajian masih dilakukan dengan kajian konvensional seperti sensus visual bawah air dan survei hasil tangkapan nelayan lokal. Beberapa pendekatan dalam mengumpulkan data keanekaragaman hayati adalah dengan melakukan survei. Di ekosistem terumbu karang, pendekatan yang paling umum adalah sensus visual bawah air (UVC). Selain itu, penggunaan alat tangkap seperti jaring, trawl, anglig, echo-sounding dan alat tangkap lainnya gear dapat digunakan namun memiliki beberapa kekurangan seperti waktu dan biaya yang cukup besar. Pendekatan lain yang sedang berkembang saat ini adalah pendekatan molekuler. Penelitian penerapan pendekatan molekuler telah berhasil dilakukan oleh banyak peneliti dengan mengambil sampel DNA dari lingkungan yang dikenal dengan Environmental DNA (eDNA). Penelitian keanekaragaman hayati di kawasan Pulau Lemon dan Mansinam dengan pendekatan aplikasi eDNA melalui metabarcoding belum pernah dilakukan.
DNA lingkungan, telah banyak diterapkan dalam penelitian dalam pengumpulan data keanekaragaman hayati. Pendekatan DNA lingkungan mengumpulkan materi genetik yang dilepaskan dari organisme ke lingkungan, yang kemudian dianalisis lebih cepat dan dengan biaya yang relatif murah jika dibandingkan dengan metode survei langsung. Metode ini mendapat banyak perhatian untuk studi ekologi. Aplikasi DNA lingkungan dalam kajian pemantauan komunitas ikan terumbu karang telah dilakukan pada penelitian-penelitian sebelumnya. Data yang dapat dikumpulkan meliputi keanekaragaman jenis dan komposisi kordata pada berbagai taksa antara lain moluska, dan echinodermata, serta keanekaragaman jenis ikan karang. Melihat kelebihan metode ini, DNA lingkungan merupakan alternatif yang potensial untuk menganalisis keanekaragaman spesies ikan.
Dari hasil pengelompokan, kelompok Pomacentridae yang merupakan ikan karang mendominasi hasil penelitian dengan total 8 spesies, diikuti Acanthuridae, Carangidae, dan Lutjanidae masing-masing memiliki jumlah spesies yang terdeteksi dengan DNA lingkungan masing-masing sebanyak 4 spesies. Hasil DNA lingkungan ini juga mengidentifikasi 2 spesies dari famili Scombridae, yaitu Gymnosarda unicolor dan Thunnus obesus.
Penulis: Dr. Eg. Sapto Andriyono
Link Tulisan lengkap:
Sitasi : Pranata, B., Kusuma, A. B., Sabariah, V., Kim, H. W., & Andriyono, S. (2022). Environmental DNA metabarcoding reveals biodiversity marine fish diversity of a small island at Manokwari District, West Papua, Indonesia. Biodiversitas Journal of Biological Diversity, 23(11).
