Bakteri probiotik kini menjadi sangat penting dalam sektor akuakultur karena fungsinya yang penting berkaitan dengan kesehatan atau pertumbuhan organisme budidaya. Oleh karena itu, banyak peneliti melakukan upaya serius untuk mengisolasi strain probiotik baru dari berbagai lingkungan perairan seperti sedimen perairan, sedimen kolam, atau air kolam. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa strain probiotik diisolasi dari perairan tersebut telah meningkatkan kelangsungan hidup organisme budidaya.
Cara paling umum untuk mendapatkan strain probiotik baru adalah dengan menggunakan metode berbasis kultur. Namun cara ini dinilai kurang efektif karena jumlah bakteri yang dapat dikultur saat ini tidak lebih besar dari 0,01%. Dampaknya seringkali adalah probiotik potensial di lingkungan tertentu di eliminir sejak tahap awal proses skrining. Untuk mengatasi permasalahan ini, sebuah studi metagenomik yang independen terhadap budaya telah dikembangkan dalam beberapa dekade terakhir. Metode ini telah memungkinkan kita untuk mengkarakterisasi bakteri tanpa melalui proses kultur. Perkembangan beberapa perangkat lunak dibidang informatiika telah mampu mendukung dan membantu untuk mengidentifikasi probion potensial tanpa melakukan kultur.
Dengan dasar tersebut, sebuah studi telah dilakukan untuk melakukan skrining kandidat probiotik dari saluran pencernaan Lobster. Hasil kajian menunjukkan bahwa filum paling dominan menghuni kedua spesies lobster pada masa pasca puerulus dan tahap dewasa adalah Proteobacteria, Firmicutes, Bacteriodota, Patescibacteria, dan Verrucomicrobiota, sedangkan pada tingkat genus, saluran pencernaan sebagian besar didominasi oleh Photobacterium, Candidatus Bacillopora, Vibrio, dan Catenococcus pada tahap pasca-peurulus, dan Vibrio, Catenococcus, Acanthopleuribacter, Acinetobacter, Pseudoalteromonas, Grimontia, dan Photobacterium pada tahap remaja. Metagenomik lebih lanjut analisis prediksi menemukan banyak sifat probion potensial yang ditunjukkan oleh deteksi gen penanda yang sesuai dengan banyak aktivitas metabolisme penting, seperti senyawa antimikroba (streptomisin, vankomisin, karbapenem, tetrasiklin, novobiocin, penisilin, sefalosporin, ansamycines, butirosin, dan neomycin), antioksidan (misalnya, flavonoid dan karotenoid), dan beberapa enzim pencernaan penting (misalnya lipase, protease, dan amilase). Hasil kajian ini menunjukkan bahwa saluran pencernaan lobster merupakan sumber potensial untuk menemukan probion baru untuk tujuan budidaya.
Penulis: Muhamad Amin
Link:
