Famili Cyprinidae (ordo Cypriniformes) adalah kelompok ikan air tawar yang cukup banyak memiliki anggota spesies yang diperkirakan sekitar 1.781 spesies valid di bawah 157 genus yang tersebar di Amerika Utara, Afrika, dan Eurasia. Jenis ikan Cyprinids Afrika secara luas dipisahkan menjadi tiga kelompok: spesies diploid kecil, spesies tetraploid kecil-menengah, dan spesies hexaploid besar. Pada akhir-akhir ini, status generik ikan kecil diploid Afrika (genus Barbus) dinaikkan menjadi Enteromius. Sampai saat ini, genus Enteromius dilaporkan memiliki 224 spesies valid yang tersebar luas di benua Afrika. Spesies Enteromius ini dibedakan dari ikan kecil kecil lainnya dengan morfologinya yang unik. Namun, morfologi dan pola warna yang sering tumpang tindih dalam anggota Enteromius menimbulkan kesulitan untuk identifikasi tingkat spesies. Akibatnya, pola distribusi banyak Enteromius diperkirakan tumpang tindih dengan rentang geografis yang sangat luas di beberapa sistem sungai, menghindari batasan penyebaran oleh penghalang terestrial. Skenario seperti itu membuktikan kurangnya pengetahuan tentang diversifikasi fenotipik dan garis keturunan ikan air tawar Afrika dalam ruang dan waktu. Akibatnya, hambatan taksonomi ini menghambat kampanye keanekaragaman hayati dan upaya konservasi.
Di antara jenis barb kecil Afrika yang masih ada, Enteromius thysi ditemukan di Sungai Kake, cekungan Sungai Mungo, Kamerun. Spesies ini memiliki distribusi terbatas di Afrika Barat (Kamerun, Guinea Khatulistiwa, dan Pulau Bioco). Namun demikian, E. thysi menghadapi beberapa ancaman, seperti perusakan habitat, sedimentasi, dan polusi, serta tekanan antropogenik. Dengan demikian, kelompok spesialis IUCN mengkategorikan E. thysi di bawah status ‘terancam punah’ sesuai tingkat kejadiannya (EOO) dan area hunian (AOO). Sampai saat ini, beberapa penelitian telah dilakukan pada E. thysi berdasarkan data morfologi dan molekulernya. Gen nuklir (RH, RAG1, IRBP, dan EGR2B) dan mitokondria (NAD4, NAD5, CYTB, COI, dan 16S rRNA) dari E. thysi dihasilkan untuk menjelaskan filogeni mereka, menyelesaikan klasifikasi Cyprinids. Dengan kemajuan dalam studi molekuler keanekaragaman hayati dan sistematika, penilaian evolusi ikan melalui genom mitokondria lengkap telah berkembang pesat di seluruh dunia. Penilaian mitogenomik sering memberikan petunjuk yang berguna untuk memahami arsitektur gen mitokondria yang memainkan peran penting dalam divergensi dan spesiasi adaptif. Selain itu, komunitas global memperkaya jalur analisis masa depan dengan membangun basis data genom mitokondria untuk mengidentifikasi keanekaragaman ikan dari DNA lingkungan. Sebelum penelitian ini, mitogenom dari total 13 spesies Enteromius telah dihasilkan di seluruh dunia. Untuk meningkatkan pengetahuan filogenetik yang mendalam dari Cyprinids, tujuan dari penelitian ini adalah untuk menghasilkan mitogenom E. thysi yang lengkap untuk pertama kalinya dan mengkarakterisasi fitur genomiknya. Informasi genetik ini dapat memperkuat perpustakaan mitogenomik ikan Cyprinid dan akan bermanfaat bagi pemeriksaan molekuler di masa depan dan mendorong konservasi ilmiah E. thysi yang terancam punah di Afrika.
Dalam penelitian ini, kami mendapatkan mitogenom lengkap pertama E. thysi dan memperkaya informasi nukleotida secara global. Kami menjelaskan fitur struktural E. thysi dan melakukan analisis komparatif dengan spesies Enteromius lainnya. Data molekuler empiris seperti itu penting untuk menyimpulkan fungsi genom mitokondria dan gen terkaitnya. Analisis filogenomik berbasis mitogenom menegaskan klasifikasi spesies Enteromius, berbeda dengan hipotesis sebelumnya. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa generasi lebih banyak mitogenom spesies Enteromius akan bermanfaat untuk penelitian sistematika, terutama untuk mengkonfirmasi klasifikasi. Informasi genetik serupa dapat memfasilitasi penelitian lain tentang genetika populasi dan filogeni ikan Cyprinid dan evolusi pengulangan tandem pada control region.
Penulis: Dr. Eng. Sapto Andriyono
Tulisan lengkap pada Link:
Sitasi : Kundu, S., Binarao, J. D., De Alwis, P. S., Kim, A. R., Lee, S. R., Andriyono, S., Gietbong, F.Z & Kim, H. W. (2022). First Mitogenome of Endangered Enteromius thysi (Actinopterygii: Cypriniformes: Cyprinidae) from Africa: Characterization and Phylogeny. Fishes, 8(1), 25.
