Identifikasi bakteri yang akurat dan cepat merupakan fondasi penting dalam penatalaksanaan pasien infeksi, terutama pada kasus yang mengancam jiwa seperti sepsis. Selama ini, metode konvensional seperti biokimia membutuhkan waktu yang relatif lama. Kehadiran teknologi Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-ToF MS) menawarkan revolusi dalam kecepatan dan cakupan identifikasi mikroba. Sebuah penelitian terbaru mengevaluasi kinerja sistem MALDI-ToF Zybio EXS2600 dalam mengidentifikasi isolat bakteri klinis dibandingkan dengan metode referensi.
Penelitian deskriptif observasional ini dilakukan dengan menganalisis 77 isolat bakteri yang berasal dari spesimen klinis seperti darah, urin, dan sputum. Semua isolat telah teridentifikasi sebelumnya menggunakan sistem BD Phoenix M50, kemudian diuji ulang dengan MALDI-ToF Zybio EXS2600. Proses preparasi sampel melibatkan langkah-langkah standar seperti fiksasi dengan etanol, ekstraksi protein menggunakan asam format, dan penggunaan matriks HCCA untuk menghasilkan spektrum massa yang khas bagi setiap spesies bakteri.
Secara keseluruhan, kedua metode menunjukkan keselarasan identifikasi pada 53 isolat (68,8%). Namun, terdapat ketidaksesuaian hasil pada 24 isolat (31,2%). Diskrepansi ini lebih banyak terjadi pada bakteri Gram-negatif, yang menyumbang 75% dari seluruh kasus ketidaksesuaian. Beberapa contoh ketidakcocokan termasuk identifikasi Escherichia coli dengan BD Phoenix yang ternyata dibaca sebagai Enterococcus faecium oleh MALDI-ToF, atau Staphylococcus aureus yang teridentifikasi sebagai Escherichia coli.
Temuan utama penelitian ini adalah tantangan yang dihadapi MALDI-ToF dalam membedakan spesies bakteri yang memiliki hubungan kekerabatan sangat dekat. Misalnya, dalam kelompok Staphylococcus koagulase-negatif (CoNS), terjadi misidentifikasi antara Staphylococcus haemolyticus dengan Staphylococcus warneri, serta Staphylococcus epidermidis dengan Staphylococcus hominis. Hal ini dapat dimengerti mengingat kesamaan profil protein yang sangat tinggi antarspesies dalam genus yang sama. Keluarga Enterobacteriaceae, seperti yang meliputi E. coli dan Klebsiella, juga menunjukkan kerumitan serupa.
Beberapa faktor pre-analitik dan analitik diduga berperan dalam menyebabkan diskrepansi. Usia isolat, jenis media kultur, dan konsistensi selama preparasi sampel dapat memengaruhi kualitas spektrum yang dihasilkan. Bakteri Gram-positif, dengan struktur dinding sel yang lebih kompleks, terkadang memerlukan modifikasi protokol seperti penambahan lisozim untuk memastikan ekstraksi protein yang optimal.
Meskipun terdapat variasi, MALDI-ToF Zybio EXS2600 tetap menunjukkan keandalan yang tinggi dengan indeks identifikasi hijau (tingkat spesies) yang dicapai untuk banyak isolat. Kecepatannya yang hanya sekitar 1-2 menit per sampel dan database yang luas (>4.000 spesies) menjadikannya aset berharga di laboratorium mikrobiologi klinis. Kesadaran akan keterbatasannya dalam membedakan spesies yang berkerabat dekat sangat penting. Pada kasus yang kritis atau tidak biasa, konfirmasi dengan metode molekuler seperti sekuensing 16S rRNA mungkin masih diperlukan.
MALDI-ToF MS merupakan alat yang sangat powerful untuk identifikasi bakteri secara cepat. Penelitian ini mengonfirmasi keunggulannya sekaligus menggarisbawahi pentingnya standardisasi prosedur dan interpretasi hasil yang hati-hati, khususnya untuk kelompok bakteri yang secara genetik mirip. Pemahaman ini memastikan pemanfaatan teknologi canggih ini dapat memberikan dampak maksimal bagi ketepatan diagnosis dan terapi pasien.
Penulis: Prof. Dr. Aryati., dr. MS., Sp.PK., Subsp.P.I(K)., Subsp I.K(K)
Detail penelitian bisa dilihat di:
