Virus Influenza A subtipe H9 bersifat enzootik di sebagian wilayah Afrika Utara dan Tengah, Timur Tengah, dan Asia, yang secara signifikan mengurangi keuntungan di industri ayam terutama penurunan produksi telur. Sementara itu infeksi oleh virus H9N2 di Indonesia mulai dilaporkan pada akhir tahun 2016, menyebabkan penurunan produksi telur dan peningkatan mortalitas pada ayam petelur. Virus H9N2 termasuk virus yang bersifat low pathogenic, namun demikian karena dampaknya sangat signifikan terhadap penurunan produksi telur sehingga berpotensi menyebabkan kerugian ekonomi di bidang peternakan unggas terutama unggas petelur sehingga deteksi awal sangat diperlukan untuk dapat diambil Langkah-langkah tepat dalam kontrol penyakit. Di sisi lain, penelitian tentang virus H9N2 menjadi sangat penting sebagai sistem peringatan dini untuk kemampuan reassortment dengan virus yang berpotensi menjadi penyebab pandemi seperti virus HPAI subtipe H5N1. Berdasarkan beberapa penelitian yang telah dilakukan, bahwa bagian segmen gen internal virus H9 mampu sebagai penyumbang bagian internal dari virus-virus Influenza A yang berpotensi sebagai penyebab pandemi dan bersifat highly pathogenic seperti subtipe H5 dan H7. Oleh karena itu, selain dapat menyebabkan kerugian ekonomi di sektor unggas petelur, virus H9 juga dapat mengancam kesehatan manusia karena kemampuannya berkoalisi dengan virus Influenza A yang bersifat zoonosis.
Pada penelitian ini dilakukan identifikasi dan karakterisasi dari isolate yang sudah berhasil dikumpulkan sejak tahun 2011 sampai tahun 2018 untuk mendeteksi kepastian awal munculnya kasus infeksi virus H9 pada unggas di Indonesia. Isolat yang berhasil dikumpulkan adalah 2.949 isolat berupa swab trachea dan kloaka dari berbagai wilayah di Indonesia, lalu sampel tersebut setelah ditanam pada TAB (telur ayam bertunas) umur 9-11 hari dilanjutkan dengan uji HA (Hemaglutinasi) dan uji HI (Hemagglutination Inhibition) antisera. Hasil yang diperoleh yaitu 3 sampel positif dari tahun 2011, 28 sampel dari tahun 2016, 12 sampel dari tahun 2017 dan 2 sampel dari tahun 2018. Sampel positif uji HI antisera dilanjutkan dengan uji PCR yang spesifik untuk gen HA dari H9, dan diperoleh satu sampel positif PCR dari isolate tahun 2017. Satu sampel positif tersebut dilanjutkan dengan sekuensing gen HA dari H9 dan analisis hasil sekuensing serta filogenetic tree bahwa virus tersebut berada satu grup dengan isolate yang berasal dari Vietnam A/Chicken/Viet Nam/QN-2576/2015 dan A/Chicken/Viet Nam/H7F-LC451/2014.
