Excavatin-A (ExA) adalah salah satu turunan kumarin yang diisolasi dari akar Clausena excavata. Kumarin menunjukkan aktivitas biologis dan sifat farmakologis yang menjanjikan. Namun, kelarutannya rendah, sehingga penggunaannya dalam aplikasi farmasi terbatas. Untuk mengatasi keterbatasan ini, kami meneliti beta-siklodekstrin (尾CD) sebagai bahan inang potensial untuk molekul ExA dengan berbagai konformasi, yang merupakan tujuan utama penelitian ini.
Melalui simulasi docking molekuler dan dinamika molekuler, kami mengevaluasi stabilitas, aksesibilitas air, dan afinitas pengikatan kompleks inklusi. Persentase konformasi docking (%DC) kompleks inklusi ExA terhadap BCD menunjukkan dua konformasi dominan, yaitu bentuk-A (70%) dan bentuk-C (30%).
Hasilpenelitian menunjukkan bahwa bentuk-A merupakan konformasi terbaik karena stabilitas dan aksesibilitas airnya dalam rongga hidrofobik. Lebih lanjut, bentuk-A menunjukkan energi bebas ikatan (鈭咷bind) yang lebih kuat melalui pendekatan Mekanika Molekuler-Poisson-Boltzmann/Luas Permukaan Born Tergeneralisasi (MM-PB/GBSA) dengan 鈭咷bind(MM-GBSA): -25,84 kkal/mol dan 鈭咷bind(MM-PBSA): -23,31 kkal/mol. Berdasarkan semua temuan ini, 尾CD merupakan material yang direkomendasikan untuk kompleksasi inklusi ExA dengan dinamika struktural yang menjanjikan pada tingkat molekuler. Informasi tentang kompleksasi inklusi ExA terhadap 尾CD dilaporkan untuk pertama kalinya dalam penelitian ini.
Penulis: Nanik Siti Aminah
Naskah lengkap dapat diakses melalui: https://scholar.unair.ac.id/en/publications/inclusion-complexation-of-excavatin-a-with-%CE%B2-cyclodextrin-stabili/
