Kanker rongga mulut merupakan salah satu jenis kanker yang paling umum terjadi di seluruh dunia. Selama tiga dekade terakhir, tingkat kelangsungan hidup penderita kanker rongga mulut hanya mencapai 50% dalam periode lima tahun setelah diagnosis. Untuk meningkatkan angka kelangsungan hidup ini, penelitian di bidang molekular menjadi sangat penting guna menemukan terapi yang lebih efektif dan tepat sasaran.
Penelitian kanker rongga mulut umumnya menggunakan sampel blok parafin sebagai media penyimpanan karena dianggap paling ekonomis dan efisien. Namun, kendala muncul ketika sampel blok parafin tersebut menghasilkan ekstraksi DNA dengan kuantitas dan kualitas yang rendah, menghambat kemajuan penelitian molekular. Oleh karena itu, langkah-langkah ekstraksi yang optimal menjadi kunci untuk memastikan hasil penelitian yang memuaskan.
Salah satu tahap krusial dalam ekstraksi DNA adalah tahap inkubasi proteinase K. Ironisnya, produsen seringkali tidak menyediakan durasi spesifik untuk tahapan ini. Inilah yang mendorong perlunya penelitian guna menentukan durasi inkubasi proteinase K yang paling optimal untuk ekstraksi DNA dari jaringan kanker rongga mulut pada sampel blok parafin.
Dalam penelitian ini, dilakukan tiga kelompok dengan durasi inkubasi proteinase K yang berbeda. Kelompok pertama mengikuti anjuran minimal produsen, yakni inkubasi selama 1 jam pada suhu 56ºC. Kelompok kedua melakukan inkubasi selama 24 jam pada suhu yang sama, sementara kelompok ketiga memperpanjang durasi hingga 48 jam pada suhu ruangan, diikuti dengan 4 jam tambahan pada suhu 56ºC. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kelompok ketiga menghasilkan jumlah DNA paling banyak, sementara kelompok pertama memiliki hasil yang paling minim.
Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa kelompok ketiga dengan durasi inkubasi yang lebih panjang, yaitu 48 jam pada suhu ruangan diikuti 4 jam pada suhu 56ºC, menunjukkan hasil yang paling optimal dan memadai dalam ekstraksi DNA dari jaringan kanker rongga mulut pada sampel blok parafin. Temuan ini memiliki implikasi besar dalam meningkatkan efisiensi penelitian molekular terkait kanker rongga mulut, memberikan dasar untuk ekstraksi DNA yang lebih baik, dan dengan demikian, diharapkan dapat membantu pengembangan terapi yang lebih efektif untuk mengatasi penyakit ini.
Penulis: Asti Meizarini, Astari Puteri, Yanna Debby Restifanny Yasan, Haizal Mohd Hussaini
Informasi detail pada riset ini dapat dilihat pada tulisan kami di: Meizarini, A., Puteri, A., Yasan, Y. D. R., & Hussaini, H. M. (2023). Optimization of proteinase K incubation protocol duration during DNA extraction from oral squamous cell carcinoma FFPE samples. Dental Journal, 56(4), 233“237.
