Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), penyebab COVID-19, diketahui terus mengalami mutasi. Setelah jumlah kasusnya sempat melandai, WHO melaporkan adanya peningkatan kembali kasus SARS-CoV-2 secara global sejak pertengahan Februari 2025, disertai pergeseran dominasi varian yang beredar. Meskipun sejumlah studi telah memetakan evolusi SARS-CoV-2, namun belum ada penelitian yang secara spesifik melaporkan distribusi varian serta dampak dari mutasinya di wilayah Jawa Timur. Padahal, Jawa Timur merupakan salah satu provinsi di Indonesia yang memiliki jumlah kasus COVID-19 yang tinggi selama pandemi.
Menanggapi hal tersebut, dilakukan penelitian dengan melakukan kajian komprehensif terhadap peredaran varian SARS-CoV-2 di Jawa Timur periode 2021“2024. Penelitian ini juga mengevaluasi potensi dampak mutasi virus terhadap akurasi uji diagnostik berbasis quantitative real-time PCR (qRT-PCR). Dengan menganalisis ribuan data genom SARS-CoV-2 secara in-silico, peneliti memetakan varian yang beredar serta mengevaluasi match atau mismatch antara sekuens gen virus SARS-CoV-2 dengan target primer dan probe dari berbagai kit qRT-PCR.
Hasil penelitian menunjukkan adanya pergeseran dominasi varian SARS-CoV-2 di Jawa Timur, dari varian Delta yang mendominasi pada tahun 2021 menjadi varian Omicron dan garis keturunannya pada 2022 hingga 2024. Hasil penelitian juga mengungkap bahwa berbagai varian dan subvarian SARS-CoV-2 yang beredar di Jawa Timur memiliki beberapa mutasi yang berpotensi memengaruhi akurasi uji qRT-PCR. Sejumlah mutasi terdeteksi pada beberapa regio target primer dan probe qRT-PCR, terutama pada regio krusial yakni ujung 3™ primer dan tengah probe yang berpotensi menurunkan efisiensi uji qRT-PCR.
Menariknya, dari berbagai macam mutasi peneliti juga menemukan adanya mutasi G15451A pada berbagai garis keturunan baru dari Omicron, yang mana sebelumnya mutasi ini ditemukan pada varian Delta. Temuan ini penting karena mutasi tersebut ditemukan memiliki ketidakcocokan (mismatch) dengan salah satu target kit yang banyak digunakan secara global, termasuk di Indonesia. Meski demikian, beberapa kit yang diteliti seperti US-CDC, Pasteur, EasyDiagnosis, Sansure, Liveriver, dan Daan, masih menunjukkan tingkat kecocokan atau match yang tinggi dengan sebagian besar varian yang beredar di Jawa Timur. Namun, kit Charité dan CN-CDC menunjukkan tingkat mismatch yang tinggi terhadap garis keturunan Omicron yang beredar di Jawa Timur.
Peneliti menekankan pentingnya untuk terus melakukan evaluasi secara berkala untuk mengetahui sejauh mana dampak mutasi dapat terjadi pada varian atau subvarian yang beredar terhadap target primer/probe dari diagnostik qRT-PCR. Upaya ini penting untuk memastikan keakuratan hasil diagnostik, mengingat SARS-CoV-2 terus bermutasi. Temuan ini diharapkan dapat menjadi acuan sekaligus pembelajaran dalam menghadapi kemungkinan munculnya varian emerging maupun re-emerging di masa yang akan datang.
Informasi detail dari penelitian ini dapat dilihat pada artikel berikut:
Evaluation of SARS-CoV-2 Detection Efficiency by qRT-PCR Assays, Mainly on New Variants in East Java. DOI:
Loka, E. R. V., Juniastuti, J., Megasari, N. L. A., Fitrianingsih, A. A., & Lusida, M. I. (2025). Evaluation of SARS-CoV-2 Detection Efficiency by qRT-PCR Assays, Mainly on New Variants in East Java. Trends in Sciences, 22(9), 10253.
Penulis: Prof. Maria Lucia Inge Lusida, dr., M.Kes., Ph.D., Sp.MK.
