SARS-CoV-2 ditemukan di Wuhan, Tiongkok, pada akhir tahun 2019, dan COVID-19 adalah penyakit yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 yang berkembang pesat menjadi pandemi global dan juga berdampak pada penduduk Indonesia. Dua kasus pertama di Indonesia ditemukan pada 02 Maret 2020, kemudian menyebar dengan cepat ke 34 provinsi. Pada bulan Juni 2023, Indonesia telah menjadi negara dengan kasus terkonfirmasi COVID-19 terbanyak di Asia Tenggara.
Gelombang pertama pandemi SARS-CoV-2 di Indonesia terjadi pada 02 Maret 2020 hingga 30 April 2021. Gelombang kedua didominasi oleh Varian Delta, dan mencapai puncaknya pada Juli 2021, disusul gelombang ketiga yang mencapai puncaknya pada Februari 2022 dengan dominasi varian Omicron. Sebagian besar kasus dan kematian di Indonesia dilaporkan di pulau tersebut Jawa. Provinsi Sumatera Utara menyumbang angka konfirmasi tertinggi kasus COVID-19 di luar Pulau Jawa.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui distribusi SARS-CoV-2 lineages selama gelombang pertama pandemi di Sumatera Utara, Indonesia. Sebanyak 20 sampel dengan hasil positif berdasarkan Real Time PCR dipilih untuk kultur virus dan kemudian dilakukan whole genome sequence menggunakan Next Generation Sequencing dengan instrumen Illumina MiSeq. Analisis sekuens seluruh genom mengungkapkan bahwa sebagian besar sampel kami berasal dari garis keturunan B.1.468 (n = 10), B.1 (n = 5), B.1.1 (n = 2), B.1.1.398 (n = 2), dan B.6 (n = 1). Ditemukan mutasi asam amino unik lainnya dalam sampel kami yaitu A58T pada protein non-struktural (NSP3) (70%), P323L pada NSP12 (95%), Q57H pada Protein NS3 (75%), dan D614G pada S (100%). Garis keturunan SARS-CoV-2 B.1.468 kemungkinan merupakan varian virus utama yang beredar di Sumatera Utara pada saat ini dan awal mula munculnya kasus COVID-19 di provinsi ini.
Penulis: Ramadhan Bestari, Irbah Rea Alvieda Nainggolan, Mirzan Hasibuan, Rima Ratnanggana, Krisnoadi Rahardjo, Aldise Mareta Nastri, Jezzy Renova Dewantari, Soetjipto Soetjipto, Maria Inge Lusida, Yasuko Mori, Kazufumi Shimizu, R Lia Kusumawati, Muhammad Ichwan, Inke Nadia Diniyanti Lubis.
Artikel ini dapat diakses di
