Coronavirus (CoV) juga dikenal sebagai COVID 19, telah menyebar ke seluruh dunia pada Desember 2019 dan menjadi pandemi pada Januari 2022. WHO menyatakan pada Maret 2020 bahwa penularan pandemi ini adalah dari orang ke orang. Kasus COVID 19 telah meluas ke 213 negara dan menyebabkan lebih dari 270 juta infeksi lebih dari 5 juta kasus dan angka tersebut terus meningkat. WHO memastikan gejala COVID 19 adalah demam, batuk kering, gangguan pernapasan, serta gangguan penciuman dan pengecapan.
Human coronavirus (HCoV) adalah virus RNA beruntai positif. Terdapat 2 jenis protein struktural HCoV dan protein non struktural yang memiliki karakteristik berbeda. Struktur protein memiliki karakteristik antara lain envelope, matrix, nucleocapsid, dan spike. Selain itu, protein non-struktural memiliki RNA polimerase (RdRp) yang bergantung pada RNA. RdRp memiliki peran penting dalam siklus hidup HCoV dan juga menjadi faktor target utama terapi COVID 19. Menurut laporan Genome, SARS-CoV-2 bergantung pada fungsi protein virus dari protease utama (Mpro). Mpro memiliki peran utama dalam transkripsi dan replikasi SARS-CoV-2. Oleh karena itu, Mpro dan RdRp adalah kandidat terbaik untuk merancang obat antivirus untuk menemukan agen terapeutik melawan SARS-CoV-2.
Moringa oleifera juga dikenal sebagai 減ohon ajaib karena memiliki manfaat yang melimpah. Terdapat senyawa bioaktif yang diperoleh dari M. Oleifera antara lain asam Aurantiamide, Anthraquinone, Apigenin, Benzyl isothiocyanate, Chrysin, Dibutyl phthalate, Ellagic acid, Hydroxychloroquinone, Isorhamnetin, Kaemferol, Myrcetin, Pterygospermin, Quercetin, Rutin, dan 尾-amyrin yang memiliki sifat antivirus senyawa potensial melawan COVID 19 dengan menghambat aktivitas Mpro dan RdRp. Selain semua senyawa di atas, asam oleat paling banyak ditemukan sekitar 84% pada M. Oleifera. M. oleifera adalah kandidat yang paling tepat untuk agen antivirus terhadap SARS-CoV-2. Penelitian ini bertujuan untuk menskrining senyawa bioaktif Moringa oleifera dan mengidentifikasi senyawa potensial antivirus terhadap SARS-CoV-2 melalui mekanisme entry inhibitor.
Potensi aktivitas biologis semua senyawa dievaluasi dengan situs PASS online berdasarkan struktur kimianya. Nilai estimasi probabilitas ditunjukkan oleh nilai probabilitas aktivitas (Pa) dan probabilitas ketidakaktifan (Pi) dari 0,000 hingga 1,000. Nilai Pa yang tinggi berarti bioaktivitas yang lebih tinggi. Hasil prediksi bioaktivitas senyawa bioaktif M. oleifera. Analisis kemiripan obat bertujuan untuk mengidentifikasi molekul yang dianggap sebagai obat yang dibangun berdasarkan sifat fisikokimianya. Pendekatan sifat yang bertujuan untuk mengukur kemiripan obat terdiri dari koefisien partisi oktanol-air (ALOGP), jumlah akseptor ikatan-H (HBA), jumlah donor ikatan-H (HBD), berat molekul (MW), luas permukaan kutub molekul ( PSA), jumlah cincin aromatik (AROM), jumlah peringatan struktural (PERINGATAN), dan jumlah ikatan yang dapat diputar (ROTB). Berdasarkan sifat-sifat tersebut, ada beberapa aturan keserupaan obat yang relevan seperti yang dikemukakan oleh Lipinski, Ghose, Veber, Eggan dan Muegge. Aturan ini menyarankan senyawa tersebut sebagai obat berdasarkan sifat fisikokimianya. Lipofilisitas (log Po/w) adalah koefisien partisi antara air dan n-oktanol. Kelarutan air adalah nilai kemampuan obat untuk penargetan oral. SwissADME menyediakan jumlah pelanggaran di setiap aturan. Prediksi kemiripan obat senyawa bioaktif M. oleifera dan parameter kemiripan obat senyawa bioaktif M. oleifera.
Kemampuan aktivitas pengikatan dan interaksi molekul senyawa bioaktif M. oleifera dan protein target Senyawa bioaktif M. oleifera dan protein target menghasilkan interaksi dan aktivitas pengikatan. Berdasarkan hasil penelitian menunjukkan dua protein target yang berbeda yaitu Mpro dan RdRp yang berinteraksi dengan senyawa bioaktif M. oleifera. Nilai afinitas ikatan interaksi Mpro dan RdRp terendah adalah Mpro Apigenin -7,8 kkal/mol, Mpro Quercetin -7,3 kkal/mol, RdRp Quercetin -6,9 kkal/mol, RdRp Pterygospermin -6,6 kkal/mol (tabel 4 & 5). Masing-masing, menyiratkan bahwa Mpro lebih mudah berikatan dengan Apigenin daripada Quercetin dan RdRp berikatan kuat dengan Quercetin daripada Pterygospermin. Terdapat residu asam amino yang berbeda dari masing-masing reseptor yang terikat pada ligan berdasarkan visualisasi oleh Discovery Studio. Kompleks 3D dari interaksi yang terbentuk divisualisasikan dan dapat dibedakan dengan jelas antara reseptor dan ligannya.
Studi in-silico kami menunjukkan M. oleifera sebagai kandidat antivirus potensial untuk SARS-CoV-2 dengan mekanisme penghambat masuk melalui senyawa, khususnya quercetin. Quercetin menunjukkan aktivitas sebagai antivirus terhadap SARS-CoV-2 dengan berikatan dengan kedua sisi aktif Mpro dan RdRp dari SARS-CoV-2 dengan afinitas pengikatan yang lebih negatif daripada senyawa lainnya, sehingga terjadi interaksi antara ikatan hidrogen dan ikatan hidrofobik. Selain itu, nilai RFMS interaksi antara Mpro dan quercetin dan RdRp dengan quercetin tidak lebih dari 1,05. Selain itu, studi eksperimental in vitro dan in vivo keduanya diperlukan untuk membuktikan prediksi in silico ini.
Penulis: Rahadian Zainul, Alexander Patera Nugraha
Link:
