Teluk Pangpang Banyuwangi adalah salah satu daerah pesisir yang merupakan pusat kegiatan perikanan laut di Banyuwangi. Teluk ini memiliki potensi tinggi untuk akuakultur, pemrosesan perikanan, dan menangkap perikanan, terutama pesanan para perciformer dari keluarga Carangidae, Lutjanidae, dan Serranidae. Kerapu (Serranidae) adalah salah satu komoditas ikan laut yang tinggi. Berdasarkan data dari BPS Banyuwangi (2019), total produksi perikanan tangkapan kerapu pada tahun 2018 mencapai 401 ton. Tingginya tingkat eksploitasi ikan ini dapat mengancam keberlanjutannya. Misalnya, menurut International Union for the Conservation of Nature (IUCN), kerapu bungkuk (Cromileptes allivelis) telah dimasukkan dalam kategori yang terancam punah. Upaya pemanfaatan dan manajemen dapat dilakukan untuk mempertahankan genetik kerapu sumber daya. Langkah awal yang dapat diambil adalah untuk mengidentifikasi jenis kerapu yang ditangkap oleh nelayan karena data tentang penangkapan ikan kerapu di Indonesia hanya dikenal sebagai kerapu tanpa mengetahui jenis spesies. Sulit untuk mengidentifikasi spesies kerapu karena kelompok memiliki tingkat kesamaan morfologis dan variasi warna yang tinggi. Identifikasi morfologis banyak digunakan untuk mengidentifikasi spesies ikan, tetapi identifikasi ini kurang akurat untuk membuktikan jenis spesies ikan yang memiliki tingkat kesamaan morfologis yang tinggi seperti kelompok. Oleh karena itu, identifikasi molekuler diperlukan untuk menentukan jenis kerapu di wilayah ini.
Berdasarkan data analisis molekuler memperoleh hasil yang sama dengan hasil identifikasi morfologi. Sampel BWKR1 menunjukkan kemiripan 100% dengan spesies kerapu berbintik oranye (Epinephelus coioides) KY371466, sementara sampel BWKR2 menunjukkan kemiripan 100% dengan spesies kerapu merah (Cephalopholis miniata) MN870587. Dalam pohon filogenetik, kerapu epinephelus dan sefalofolis membentuk clade terpisah. Clade I terdiri dari sekuens Epinephelus coioides yang diperoleh dan ditambahkan ke urutan dari GenBank yang terdiri dari urutan MH085801 dari Banten Indonesia, MH085800 dari Gresik Indonesia, MH235639 dari Myanmar, KY371466 dari Cina, HQ149. Jepang, dan Jepang dari Myanmar, KY371466 dari Cina, HQ1498 dari HQ1498 dari HQ1498 dari China, HQ1498 dari HQ1498 dari HQ14, HQ1498 dari HQ1498 dari China, HQ1498 dari China, HQ1498 dari China, HQ1498 dari China, HQ1498 dari China, HQ1498, Clade II terdiri dari sekuens sefalofolis yang terdiri dari urutan MN870587 dari Ambon Indonesia, KM077909 dari Kaledonia Baru, KF009577 dari Filipina, dan FJ237607 dari India. Rekonstruksi pohon filogenetik pada Gambar 2 memiliki angka di dasar cabang yang disebut nilai bootstrap. Nilai bootstrap berbanding lurus dengan tingkat kepercayaan rekonstruksi filogenetik, semakin besar nilai bootstrap, semakin tinggi tingkat kepercayaan dalam rekonstruksi pohon filogenetik yang terbentuk. Bootstrap di dasar clade berfungsi untuk menunjukkan keakuratan pohon filogenetik bercabang. Pohon filogenetik adalah sistem percabangan seperti diagram pohon. Hubungan berdasarkan urutan DNA atau protein seperti pohon dapat berguna untuk memprediksi proses evolusi di masa lalu (Baldauf 2003). Hubungan yang dibuat oleh analisis filogenetik dapat menunjukkan jarak genetik yang dekat dan dapat diartikan dalam pohon filogenetik. Rekonstruksi pohon filogenetik didukung oleh hasil analisis jarak genetik pada suatu spesies.
Analisis jarak genetik dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak Mega X. Hasil analisis ini menunjukkan bahwa kode sampel BWKR1 Epinephelus coioides yang diperoleh dari Teluk Pangpang tidak berbeda dari database GenBank dari Cina (KY371466), Banten (MH085801) dan Gresik (MH085800) dengan jarak genetik 0,00. Sementara itu, urutan dari Myanmar (MH235639) memiliki jarak genetik 0,002, urutan dari Iran (HQ149843) memiliki jarak genetik 0,006 dan dari Jepang (JF952725) memiliki jarak 0,119. Dalam kode sampel BWKR2 Cephalopholis miniata tidak ada perbedaan dengan urutan yang diperoleh dari GenBank Ambon Indonesia (MN870587), Kaledonia Baru (KM077909), Filipina (KF009577). Jarak genetik antara spesies urutan juga menunjukkan angka 0,00-0,02 (Tabel 3) .. Jenis kerapu berbintik oranye (Epinephelus coioides) dari Teluk Pangpang Banyuwangi dibandingkan dengan sekuens dari Myanmar, Iran, Banten memiliki jarak genetik yang kecil karena isinya Masih di Samudra Hindia. Dalam urutan dari Cina dan Gresik, Indonesia memiliki jarak genetik yang kecil karena masih berada di wilayah Indo-Pasifik yang sama. Sementara itu, urutan dari Jepang memiliki jarak genetik yang cukup jauh sekitar 0,119. Hal ini dapat terjadi karena beberapa faktor, termasuk kebenaran data yang dimasukkan dalam blastn atau adanya kontaminasi yang dapat mengakibatkan kesalahan dalam mengidentifikasi suatu spesies. Berdasarkan hasil jarak genetik kerapu merah (Cephalopholis miniata) dari Teluk Pangpang memiliki 0,00 jarak genetik bila dibandingkan dengan urutan dari Ambon, Indonesia, Kaledonia Baru, dan Filipina, sedangkan jarak genetik terjauh adalah berurutan dari India yang memiliki jarak jauh dari 0,002. Distribusi Cephalopholis miniata sendiri menyebar dari Indo-Pasifik, Laut Merah, Afrika Selatan dan sebagian besar pulau di Samudra Hindia dan Pasifik barat-tengah.
Penulis: Dr. Eng. Sapto Andriyono
Tulisan lengkap pada link:
Sitasi: Pramesti, F. F., Sulmartiwi, L., & Andriyono, S. (2022). Molecular Identification of Grouper Fish (Perciformes: Serranidae) Landed From Pangpang Bay, Banyuwangi.Journal of Tropical Marine Science,听5(2), 98-103.
