Ikan Pagellus bellottii, atau yang dikenal sebagai Red pandora, adalah bagian dari famili Sparidae ikan laut yang dikenal sebagai seabream atau porgies. Ikan ini menempati habitat dasar (demersal) di perairan pesisir timur Atlantik, pada kedalaman sekitar 15 70 meter. Dalam praktik perikanan di Afrika Barat, P. bellottii memiliki nilai ekonomi tinggi dan turut menyumbang sebagian besar tangkapan genus Pagellus di kawasan Atlantik Timur menurut data FAO.
Meski secara morfologi P. bellottii telah dikenali, tantangan muncul karena kemiripannya dengan kerabat dekatnya seperti P. acarne, P. bogaraveo, dan P. erythrinus. Distribusi dan ciri fisik yang tumpang tindih membuat identifikasi spesies kadang sulit dan bisa mengaburkan upaya konservasi.
Untuk memperjelas posisi evolusioner dan hubungan kekerabatan spesies ini, peneliti menggunakan pendekatan mitogenomik yakni menganalisis genom mitokondria lengkap. Studi ini melaporkan pertama kali mitogenom P. bellottii dari spesimen asli timur Atlantik, sekaligus menempatkan ia dalam silsilah evolusi Sparidae secara lebih akurat.
Struktur Mitogenom P. bellottii
Genom mitokondria dari P. bellottii yang dianalisis berukuran 16.666 bp, terdiri dari 13 gen pengkode protein (PCGs), 22 tRNA, dua gen rRNA, dan satu wilayah kontrol (control region / CR). Dalam gen pengkode protein (PCGs), kodon pembuka (start codon) sebagian besar menggunakan ATG, tetapi dalam beberapa gen (COI, ND4) digunakan GTG pola yang juga ditemukan pada beberapa spesies Pagellus. Kodon penghenti (stop codon) menampilkan variasi, termasuk codon tidak lengkap (TA- atau T) yang lazim di mitogenom ikan.
Analisis rasio Ka/Ks (perubahan nonsinonim terhadap sinonim) di seluruh PCGs menunjukkan nilai < 1, menandakan bahwa sebagian besar gen mengalami seleksi purifying (negatif) artinya mutasi merugikan cenderung disingkirkan agar fungsi gen tetap stabil. Wilayah kontrol (CR) sepanjang 987 bp pada P. bellottii menyimpan blok-blok urutan konservatif (CSB-1, CSB-2, CSB-3, CSB-D), dan sejumlah polimorfisme di motif-motif konservatif di dalamnya, yang bisa menjadi petunjuk genetis untuk membedakan populasi atau spesies.
Penempatan Filogenetik dalam Sparidae
Penelitian ini membangun pohon filogenetik menggunakan data mitogenom dari 32 spesies Sparidae (ditambah dua outgroup). Hasilnya mengungkap bahwa beberapa genus dalam Sparidae termasuk Pagellus, Pagrus, dan Dentex bersifat non-monofiletik, artinya mereka tidak membentuk satu kelompok tertutup tunggal dalam kladogram. Khusus pada Pagellus, P. bellottii paling dekat dengan P. erythrinus, sementara P. bogaraveo dan P. acarne membentuk pasangan tersendiri dalam kladus yang terpisah.
Estimasi waktu divergensi menunjukkan bahwa P. bellottii dan P. erythrinus berpisah sekitar 6,1 juta tahun yang lalu (MYA), pada periode Miocene. Ini lebih baru dibandingkan dengan divergensi antara P. bogaraveo dan P. acarne (~10,5 MYA). Pemisahan utama dua klaster dalam Sparidae secara keseluruhan diperkirakan terjadi sekitar 28,8 MYA (periode Oligosen). Peristiwa paleogeografi seperti perubahan sambungan antara Laut Mediterania dan Samudra Atlantik (termasuk pembentukan Lengkung Gibraltar) kemungkinan menjadi pemicu utama evolusi dan diversifikasi dalam garis keturunan Pagellus.
Implikasi dan Arah Penelitian Selanjutnya
Dengan analisis mitogenom lengkap P. bellottii, studi ini menyumbang data genetik penting untuk taksonomi dan filogenetik Sparidae. Hasilnya mendukung bahwa struktur genetik Pagellus bellottii cukup konservatif, dan penempatan filogenetiknya memberikan pemahaman baru mengenai hubungan kekerabatan antar spesies Pagellus.
Meski demikian, studi ini hanya menggunakan satu individu dari Ghana, sehingga belum mencerminkan keragaman genetik di seluruh rentang distribusi spesies tersebut. Penelitian lanjutan disarankan untuk mencakup sampel dari berbagai lokasi geografis, serta penggunaan genom seluruhnya (whole-genome sequencing) atau penanda genetik lain (SNP, genom nuklir) agar pemahaman evolusi, struktur populasi, dan adaptasi dapat lebih mendalam.
Dalam konteks konservasi dan pengelolaan perikanan, data ini bisa menjadi dasar untuk mengenali garis keturunan lokal, mendeteksi populasi yang tertekan secara genetik, serta merancang strategi preservasi yang mempertimbangkan keragaman genetik dalam populasi.
Penulis: Muhammad Hilman Fuadil Amin, S.Si., M.Si., Ph.D.
Informasi detail terkait artikel ini dapat dilihat pada:
