Ikan air tawar Cyclocheilichthys repasson adalah salah satu anggota keluarga karper (Cyprinidae) yang tersebar di sebagian besar Asia Tenggara dari Sungai Mekong, dataran Indochina, hingga pulau-pulau besar di Indonesia seperti Sumatra dan Kalimantan. Meski kehadirannya sudah lama diketahui, posisi filogenetik genus CyclocheilichthyskܲܲԲⲹ C. repassonmasih belum jelas sepenuhnya karena data molekuler yang terbatas. Untuk itu, tim peneliti menghadirkan data mitogenom komprehensif dari C. repasson, guna mengungkap struktur genom mitokondria dan menempatkan spesies ini dalam pohon evolusi kelompok Poropuntiinae.
Mitogenom C. repasson
Penelitian ini menghasilkan susunan genom mitokondria sirkular sepanjang 16.571 basa (bp) untuk C. repasson, yang mencakup 37 gen mitokondria khas (13 protein-coding genes, 22 tRNA, dan 2 rRNA) serta satu wilayah kontrol (control region / CR). Sebagian besar gen ditempatkan pada untai heavy (H strand), kecuali gen ND6 dan delapan tRNA yang berada pada untai light (L strand). Komposisi nukleotida menunjukkan bias A + T sekitar 57,7 % dan pola pergeseran (skew) yang khas pada hubungan AT dan GC. Dalam hal kodon (triplet nukleotida penyandi asam amino), hampir semua gen protein (PCG) menggunakan kodon awal ATG kecuali gen COI yang menggunakan kodon awal GTG. Analisis substitusiantara perubahan yang memengaruhi asam amino (nonsynonymous) dan yang tidak (synonymous)mengindikasikan bahwa semua gen protein berada di bawah tekanan seleksi purifikasi yang kuat (purifying selection). Artinya, mutasi yang merugikan tampaknya disaring, menjaga fungsi esensial gen tetap stabil.
Wilayah D-loop dan Variasi Dalam Poropuntiinae
Dalam analisis perbandingan terhadap 24 spesies dalam kladus Poropuntiinae, peneliti menemukan bahwa terdapat empat blok nukleotida konservatif di wilayah kontrol (CR) yang tampak terjaga secara konsisten antarspesies. Menariknya, motif tandem repeat dalam CR ditemukan pada 11 spesies Poropuntiinae, tetapi tidak ditemukan pada C. repasson sebuah ciri yang membedakan secara struktural.
Memetakan Posisi Filogenetik
Dengan menggabungkan urutan 13 gen protein (PCG) mitokondria, peneliti menyusun pohon filogenetik dengan hasil monofili untuk genus Cyclocheilichthys dan menunjukkan bahwa C. repasson memiliki hubungan saudara dengan C. janthochir dan C. apogon. Selain itu, analisis menggunakan fragmen gen COI (cytochrome oxidase I) dari populasi C. repasson di Laos (daratan) dan Sumatra (pulau) mengungkap adanya divergensi genetik sekitar 1,06 % antarpopulasi tersebut. Perbedaan ini mungkin mencerminkan adanya keragaman tersembunyi (cryptic diversity) dalam spesies ini. Peneliti berhipotesis bahwa fragmentasi dan pemisahan populasi C. repasson dapat ditelusuri kembali ke perubahan hubungan sungai purba di Asia Tenggara dan daratan paparan Sunda pada masa laut surut (ketika pulau-pulau dan daratan utama saling tersambung). Pemisahan populasi pulau (Sumatra) dan daratan (Laos) kemungkinan terkait pola drainase kuno pada jaman tersebut.
Implikasi & Prospek Berikutnya
Penelitian ini memberikan sumbangan penting pada taksonomi dan filogenetik ikan air tawar Asia Tenggara. Dengan struktur mitogenom lengkap untuk C. repasson, kita kini memperoleh peta genetik yang bisa dibandingkan secara mendalam antarspesies dalam klade Poropuntiinae. Temuan divergensi genetik antarpopulasi membuka kemungkinan adanya subspesies atau garis keturunan yang belum dideteksi yang penting bagi konservasi dan pengelolaan ikan air tawar. Ke depan, integrasi data genom inti, pemetaan populasi lebih luas, dan studi morfologi-molekuler lintas wilayah dapat memperkuat pemahaman evolusi Cyclocheilichthys. Dengan demikian, penelitian ini tak hanya mengisi kekosongan data genetik, tetapi juga membuka jalan bagi konservasi yang lebih berbasis bukti untuk ikan-ikan sungai di Asia Tenggara.
Penulis: Muhammad Hilman Fuadil Amin, S.Si., M.Si., Ph.D.
Informasi detail terkait artikel ini dapat dilihat pada:
