Saat ini, pemanfaatan probiotik dalam bidang akuakultur semakin berkembang sebagai salah satu pendekatan ramah lingkungan yang mendukung keberlanjutan sektor perikanan. Probiotik merupakan mikroorganisme hidup yang tidak bersifat patogen dan mampu memberikan efek menguntungkan bagi inang. Mikroorganisme yang digunakan sebagai probiotik harus memenuhi beberapa kriteria penting, antara lain teridentifikasi secara taksonomi hingga tingkat strain, aman bagi inang, terbukti memberikan manfaat kesehatan, serta tersedia dalam jumlah yang memadai. Probiotik yang berasal dari sumber alami, terutama yang diisolasi dari lingkungan inang, diyakini memiliki adaptasi yang lebih baik karena telah beradaptasi secara alami terhadap kondisi fisik, kimia, dan biologis tubuh inang. Adaptasi tersebut memungkinkan bakteri probiotik untuk bekerja lebih efektif, baik dalam mendegradasi limbah organik, menguraikan sisa pakan, maupun menghambat pertumbuhan mikroorganisme patogen.
Isolasi probiotik dari alam juga membuka peluang untuk menemukan strain-strain baru yang fungsional dan belum ditemukan pada probiotik komersial. Berbagai penelitian menunjukkan bahwa probiotik alami, khususnya yang diisolasi dari saluran pencernaan, memiliki mekanisme kerja yang penting seperti aktivitas antagonistik terhadap patogen, kemampuan berkolonisasi dan berkompetisi pada permukaan mukosa usus, serta kemampuan memodulasi sistem kekebalan tubuh inang. Dengan berbagai mekanisme tersebut, probiotik alami berperan dalam meningkatkan kesehatan dan produktivitas ikan maupun udang dalam sistem budidaya.
Materi ini diambil dari berbagai literatur data base seperti Google Scholar, Science Direct, Research Gate, Wiley Online Library, SpringerLink, dan Scopus, yang dipublikasi dari tahun 2015-2025. Kata kunci utama yang digunakan adalah probiotik, sumber isolasi, alam, dan mekanisme probiotik. Tinjauan ini berfokus pada probiotik yang diisolasi dari berbagai sumber bahan alam dan kemampuannya dalam meningkatkan kesehatan ikan/udang.
Probiotik dapat diisolasi dari berbagai sumber alami, seperti hewan, makanan fermentasi, dan lingkungan, dengan tujuan memperoleh mikroorganisme yang berpotensi sebagai kandidat probiotik. Asal-usul isolat menjadi informasi awal yang penting karena probiotik yang berasal dari mikrobiota komensal inang cenderung berfungsi secara optimal di dalam tubuh inang. Mikroba indigenous atau lokal diyakini memiliki kemampuan lebih besar dalam membentuk koloni, berkompetisi dengan patogen, serta meningkatkan ketahanan inang terhadap infeksi penyakit. Saluran pencernaan hewan air yang sehat menjadi lokasi utama dalam skrining probiotik karena didominasi oleh berbagai bakteri yang berperan merangsang fungsi metabolisme, meningkatkan kecernaan pakan, memperkuat respon kekebalan tubuh, dan melindungi inang dari serangan patogen.
Beberapa penelitian berhasil mengisolasi bakteri asam laktat dari saluran pencernaan ikan seperti Arapaima gigas, serta berbagai ikan air tawar yang menunjukkan sifat antagonis terhadap patogen seperti Aeromonas hydrophila. Selain dari saluran pencernaan, sumber non-intestinal seperti makanan fermentasi dan sedimen juga kaya akan bakteri menguntungkan yang dapat menghasilkan probiotik, bakteriosin, dan enzim. Misalnya, isolasi dari biji kefir menghasilkan Lactobacillus farraginis dan Enterococcus durans yang bermanfaat bagi ikan rainbow trout. Dengan demikian, probiotik indigenous yang berasal dari inang maupun lingkungan alaminya menawarkan potensi besar sebagai strategi berkelanjutan dalam akuakultur.
Strain Bacillus banyak digunakan sebagai probiotik dalam akuakultur karena kemampuannya mendorong pertumbuhan, menghasilkan enzim pencernaan, dan memperbaiki kondisi saluran pencernaan. Secara umum, bakteri Gram positif seperti Lactobacillus, Bacillus, dan Bifidobacterium telah dikenal luas sebagai probiotik. Namun, beberapa bakteri Gram negatif dari golongan Vibrio dan Pseudoalteromonas juga dilaporkan memberikan manfaat, terutama dalam budidaya udang vaname dengan sistem bioflok. Bakteri Vibrio non-patogen, mampu menempel pada lapisan kitin dan membran peritrofik di usus udang, sehingga lebih mudah berkolonisasi dan bersaing dengan Vibrio patogen. Selain itu, penelitian dengan bakteri Gram negatif seperti Shewanella algae dan Serratia marcescens menunjukkan bahwa pemberian probiotik dapat meningkatkan pertumbuhan udang, aktivitas enzim pencernaan, serta respons imun, sehingga mendukung budidaya berkelanjutan dan mengurangi ketergantungan pada antibiotik. Meskipun demikian, syarat utama probiotik adalah sifatnya yang tidak patogen. Shewanella, merupakan bakteri saprofit yang umum ditemukan di lingkungan. Namun, beberapa spesies seperti Shewanella algae diketahui dapat menyebabkan infeksi, terutama di daerah tropis. Oleh karena itu, penggunaan bakteri Gram negatif sebagai probiotik perlu mempertimbangkan potensi resikonya terhadap inang, terutama jika inang tersebut bukan ikan.
Dalam penerapannya, penggunaan probiotik alami pada ikan dan udang perlu dievaluasi secara cermat dengan membandingkan manfaat dan resikonya terhadap probiotik komersial yang telah teruji. Efektivitas probiotik harus dinilai pada setiap spesies target karena mekanisme kerjanya bersifat spesifik terhadap genus dan galur. Meskipun probiotik menawarkan berbagai manfaat, terdapat kekhawatiran pada efek buruk yang ditimbulkan oleh probiotik mengingat probiotik merupakan mikroorganisme hidup yang dapat terus berkembang. Pengetahuan mendalam mengenai komposisi genetic, pemrofilan transkrip, dan proteom sangat dibutuhkan untuk mengetahui pengaruh aplikasi probiotik dan cara kerja berbagai organisme probiotik dalam kesehatan budidaya ikan maupun udang.
Penulis: Erlin Amanda Meilinasyiffa, S.Pi.,
Informasi lebih lengkap dari riset ini dapat dilihat pada tulisan kami di:
Meilinasyiffa, E. A., Azhar, M. H., Santanumurti, M. B., Pramono, H., Nurhayati, D., Urku, C., … & Kismiyati, K. (2026). Probiotics in Aquaculture: Native Isolates, Mechanisms, and Applications. Egyptian Journal of Aquatic Biology and Fisheries, 30(1), 669-704.
