Peningkatan resistensi antimikroba (AMR) secara global menimbulkan tantangan kesehatan masyarakat yang besar, dengan negara-negara berkembang seperti Nigeria yang terbebani secara tidak proporsional karena infrastruktur perawatan kesehatan yang lemah, penggunaan antibiotik yang tidak terkendali, dan sistem pengawasan yang tidak memadai. Munculnya strain bakteri multidrug resisten (MDR) mengurangi efektivitas pengobatan antimikroba dan menimbulkan ancaman signifikan bagi kesehatan masyarakat. Para ahli memperkirakan bahwa AMR dapat menyebabkan hingga 10 juta kematian di seluruh dunia setiap tahun pada tahun 2050. Munculnya klon bakteri MDR, yang menunjukkan peningkatan kemampuan untuk memperoleh gen resistensi, mempertahankan kebugaran, dan menyebar secara efektif dalam populasi inang yang rentan, mengurangi efektivitas pengobatan yang tersedia. Karakteristik resistensi yang dimiliki oleh organisme ini dan konektivitasnya, jika tidak terkendali, akan terus merusak pilihan terapi.
Metode molekuler, termasuk pengurutan seluruh genom (whole-genome sequencing/WGS) dan penentuan tipe sekuens multilokus (multilocus sequence typing/MLST), adalah alat yang ampuh untuk mengkarakterisasi populasi klonal dan memungkinkan pengawasan perkembangan resistensi secara real-time. MLST, teknik dasar dalam genomika populasi bakteri, mengindeks variasi sekuens pada tujuh gen pengatur rumah tangga (housekeeping genes) untuk menentukan genotipe stabil dan menghubungkannya dengan sifat epidemiologis atau fenotipik. WGS memberikan pandangan resolusi tinggi tentang sekuens DNA organisme, struktur, dan kandungannya, memungkinkan deteksi klon yang tepat serta AMR, determinan virulensi, dan pelacakan masalah epidemiologis.
MLST dan WGS telah digunakan secara efektif untuk mengidentifikasi klon bakteri MDR internasional yang menghadirkan ancaman global yang semakin meningkat. Bakteri MDR telah dikategorikan oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) sebagai patogen kritis dan prioritas tinggi/sedang. Beberapa di antaranya termasuk K. pneumoniae, E. coli, Serratia, Proteus, Enterobacter spp., Enterococcus faecium resisten vankomisin (VRE), S. aureus resisten metisilin (MRSA), Pseudomonas aeruginosa resisten karbapenem dan Streptococcus pneumoniae. Sejak tahun 2000-an, penyebaran global klon berisiko tinggi pandemi tipe sekuens E. coli 131 (ST131) telah menjadi pendorong utama peningkatan prevalensi extended-spectrum 尾-lactamase (ESBL) di seluruh dunia, terutama varian CTX-M-15. Penelitian telah mengidentifikasi klon bakteri MDR lainnya, termasuk ST228, ST152, ST8, dan ST573 dari S. aureus resisten metisilin MDR (MDR-MRSA) yang diisolasi dari manusia dan hewan. Demikian pula, K. pneumoniae ST147, yang mencakup isolat resisten terhadap semua obat dan resisten terhadap banyak obat, telah dilaporkan secara global dan diketahui mengandung banyak gen resistensi yang beragam serta elemen genetik bergerak.
Di negara-negara Afrika Barat, patogen MDR yang dominan meliputi MRSA, E. coli, K. pneumoniae, A. baumannii, dan P. aeruginosa. Isolat-isolat ini telah diidentifikasi baik di lingkungan rumah sakit maupun komunitas. Penelitian sebelumnya yang dilakukan di Nigeria menemukan bahwa lebih dari 50% isolat Klebsiella resisten terhadap karbapenem, suatu kelas antibiotik yang biasanya digunakan sebagai pilihan terakhir. Selain itu, strain bakteri E. coli menunjukkan tingkat resistensi yang tinggi terhadap sefalosporin generasi ketiga dan fluoroquinolon baik di daerah pedesaan maupun perkotaan. Akibatnya, pelacakan klon patogen MDR di Nigeria merupakan prioritas kesehatan masyarakat yang penting, mengingat krisis AMR yang semakin meningkat di negara tersebut. Dalam konteks ini, meta-analisis dan tinjauan sistematis memberikan bentuk bukti ilmiah yang sangat valid dan andal, karena secara sistematis mengidentifikasi, menilai, dan mensintesis temuan dari berbagai penelitian, sehingga meminimalkan bias dan meningkatkan generalisasi kesimpulan dalam penelitian berbasis bukti. Oleh karena itu, tujuan pertama dari tinjauan sistematis ini adalah untuk memberikan data komprehensif dan terkini tentang klon patogen MDR yang menyebar di Nigeria untuk menginformasikan intervensi tepat waktu dan memandu para pembuat kebijakan dalam menerapkan langkah-langkah ketat untuk mengekang lonjakan AMR global. Tujuan kedua adalah untuk mengidentifikasi tipe sekuens (ST) dominan dari klon patogen MDR yang mungkin beredar di dalam negeri.
Pelacakan klon patogen MDR di Nigeria mengungkapkan interaksi kompleks antara faktor klinis, lingkungan, dan zoonosis. Negara berkembang, seperti Nigeria, rentan terhadap dampak AMR karena keterbatasan struktural layanan kesehatan, penyalahgunaan antibiotik yang meluas, dan praktik pengendalian infeksi yang tidak memadai. Tinjauan sistematis ini dilakukan untuk mengumpulkan data komprehensif tentang klon patogen MDR yang tersebar di Nigeria. Selain itu, untuk memberi informasi kepada pembuat kebijakan tentang perlunya penelitian berkelanjutan melalui metode genomik dan kolaborasi internasional dalam mengurangi penyebaran klon patogen MDR di Nigeria. Studi ini mengidentifikasi patogen MDR dominan yang beredar di Nigeria sebagai E. coli, S. aureus (MRSA), K. pneumoniae, A. baumannii, dan P. aeruginosa, dan patogen ini diidentifikasi pada sumber hewan, manusia, dan lingkungan. Studi pengawasan sebelumnya mengkonfirmasi adanya MDR K. pneumoniae, S. aureus (MRSA), P. aeruginosa, dan A. baumannii baik di lingkungan komunitas maupun rumah sakit di Nigeria.
Klon E. coli ST131 telah mencapai peningkatan virulensi karena sering kali mengandung dan menularkan beberapa Antimicrobial Resistance Gene (ARG). Sebuah studi telah mengidentifikasi E. coli ST131 sebagai klon klinis internasional yang dominan. Dengan demikian, penggunaan data genomik sangat penting untuk memahami distribusi dan patogenisitas E. coli ST131 yang meluas, serta untuk memfasilitasi pengembangan terapi antimikroba baru yang cepat untuk menghambat penularannya. Klon E. coli MDR lainnya yang dilaporkan termasuk ST38, ST617, ST10, dan ST410, yang merupakan klon berisiko tinggi yang signifikan secara klinis. Studi sebelumnya juga telah mengidentifikasi ST yang disebutkan di atas dari MDR E. coli yang terkait dengan blaCTX怣15, gen resistensi fluoroquinolone, gen resistensi sefalosporin generasi ketiga, gen resistensi karbapenem, dan pembawaan ARG lain yang menimbulkan ancaman global yang meningkat.
Tipe sekuens ST773 adalah klon dominan yang diidentifikasi di antara P. aeruginosa MDR dengan prevalensi 24,2%, diikuti oleh ST1203 dan ST654, yang keduanya memiliki prevalensi gabungan 8,6% pada manusia. P. aeruginosa ST773 telah didefinisikan sebagai klon internasional berisiko tinggi yang menyebarkan gen karbapenemase dan determinan AMR lainnya yang berasal dari Asia dan sejak itu telah dilaporkan di Afrika. ST654 adalah klon internasional berisiko tinggi lainnya yang telah dikaitkan dengan gen AMR. Identifikasi klon internasional ini semakin menggarisbawahi perlunya untuk mengadopsi langkah-langkah pengendalian strategis untuk melacak sirkulasi global klon MDR di Nigeria dan di seluruh dunia untuk mengurangi kemungkinan munculnya klon patogen yang resisten terhadap banyak obat (XDR).
Temuan dari tinjauan sistematis ini tentang penyebaran klon patogen MDR di Nigeria menggarisbawahi implikasi yang mendesak. Secara lokal, penyebaran klon yang tidak terkendali ini mengancam sistem perawatan kesehatan, hasil pengobatan, dan langkah-langkah pengendalian infeksi, sementara secara internasional, hal ini menimbulkan risiko penularan global yang signifikan, melemahkan inisiatif pengelolaan antimikroba, dan memerlukan pengawasan terkoordinasi dan intervensi kebijakan lintas batas.
Patogen prioritas kesehatan masyarakat dilaporkan mengandung tipe urutan klon internasional, termasuk E. coli ST131, S. aureus ST1, K. pneumoniae ST307, A. baumannii ST2, dan P. aeruginosa ST773, sebagai klon dominan utama di Nigeria. Keberadaan klon berisiko tinggi ini di Nigeria memerlukan pengembangan sistem yang tangguh yang mampu secara efektif melacak dan mengendalikan klon patogen MDR. Pendekatan One Health yang dikombinasikan dengan penggunaan rutin metode investigasi WGS sangat penting untuk melacak dan membatasi penyebaran klon berisiko tinggi ini dan memantau garis keturunan MDR di Nigeria.
Penulis korespondensi: Prof. Dr. Eric S. Donkor
Informasi detail dari riset ini dapat dilihat pada tulisan kami di:
Emmanuel N. Ugbo, Felicitas N. Afiukwa, Mustofa H. Effendi, Samuel Darkwah, Alex Odoom, Eric S. Donkor. Multidrug怰esistant Pathogen Clonal Spread in Nigeria: A Systematic Review and Meta怉nalysis. Health Science Reports, 2026; 9:e71740.
