Studi in silico merupakan pemodelan molekuler yang dapat memprediksi karakteristik sifat fisika dan kimia molekul obat, menentukan deskripsi interaksi senyawa-reseptor, dan memprediksi kerja obat pada tingkat molekuler melalui simulasi proses interaksi obat-reseptor (doking). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis interaksi antara senyawa glikosaminoglikan-acemanan sebagai bahan scaffold dengan toll-like receptor-2 (TLR-2) untuk memprediksi potensi osteogenesis pada proses penyembuhan tulang alveolar secara in silico. Proses doking antara glikosaminoglikan-acemanan dan reseptor TLR-2 (kode PDB: 1 FYW, dengan ligan standar CAS-LYS-LEU-ARG-LYS-ILE-MSE) dilakukan dengan menggunakan program Molegro Virtual Docker (MVD).
Senyawa glikosaminoglikan-acemanan dan reseptor TLR-2 dalam struktur dua dan tiga dimensi dianalisis dan dicari bentuk struktur yang paling stabil dengan melakukan minimalisasi energi. Sebelum dilakukan proses doking dideteksi dulu rongga (cavity) dimana ligan mengikat reseptor, dan ternyata ada pada rongga kelima. Pada proses doking diamati interaksi ligan pada rongga struktur reseptor TLR-2, yaitu ikatan kimia dan asam-asam amino yang terlibat dalam interaksi tersebut, serta energi yang dibutuhkan untuk interaksi ligan dan reseptor (nilai Moldock). Hasil penelitian menunjukkan bahwa glikosaminoglikan-acemanan mampu mengikat asam-asam amino reseptor TLR-2 melalui ikatan hidrogen dan interaksi sterik yang kuat.
Hasil docking menunjukkan bahwa nilai Moldock dari ligan standar CAS-LYS-LEU-ARG-LYS-ILE-MSE adalah -95,58 Kkal/mol, acemanan -91,96 Kkal/mol, dan glikosaminoglikan -61,14 Kkal/mol. Semakin rendah nilai Moldock semakin sedikit energi yang dibutuhkan untuk interaksi ligan-reseptor, semakin stabil interaksi tersebut, dan hal ini dapat untuk mempredikasi potensi (aktivitas) ligan. Dari penelitian ini dapat disimpulkan bahwa senyawa glikosaminoglikan-acemannan sebagai bahan scaffold mampu mengikat reseptor target TLR-2 dengan baik, dan hal ini dapat memprediksi potensi osteogenesis yang baik dari senyawa pada proses penyembuhan tulang alveolar melalui studi in silico.
Penulis: Prof. Dr. Siswandono, MS
Untuk melihat lebih detail mengenai penelitian tersebut dapat diakses pada
Judul artikel: In Silico Analysis of Glycosaminoglycan-Acemannan as a Scaffold Material on Alveolar Bone Healing
