Demam berdarah merupakan penyakit arboviral endemik dengan penularan terus menerus di Indonesia selama lebih dari lima dekade. Wabah baru-baru ini di Jember, provinsi Jawa Timur, menunjukkan dominasi DENV-4, serotipe yang dikenal karena penyebaran globalnya yang rendah dan penularannya yang terbatas. Sementara faktor epidemiologis seperti pengenalan serotipe baru dan kurangnya kekebalan kawanan dapat menjelaskan dominasinya, faktor virus juga dapat berkontribusi. Dengan menggunakan pengurutan generasi berikutnya, kami menghasilkan 13 genom lengkap DENV-4 yang representatif yang bertanggung jawab atas wabah tersebut.
Analisis filogenetik dan evolusioner pada genom lengkap dilakukan untuk memahami dinamika spasial dan temporal virus. Analisis lebih lanjut dilakukan untuk mempelajari variasi asam amino pada gen DENV, serta peristiwa potensial rekombinasi dan tekanan seleksi dalam genom. Kami mengungkapkan faktor genetik DENV-4 yang dapat menyebabkan dominasinya pada wabah demam berdarah Jember 2019. Kombinasi tekanan seleksi dan perubahan genetik mutasi dapat berkontribusi pada dominasi DENV-4 di Jawa Timur, Indonesia. Kemungkinan peristiwa rekombinasi intra-serotipe yang melibatkan gen protein 5 non-struktural (NS5) juga diamati. Secara keseluruhan, faktor genetik ini dapat bertindak sebagai faktor tambahan di balik mekanisme wabah demam berdarah yang kompleks.
Penulis : Prof. Dr. Aryati, dr. Sp.PK(K)
Artikel di kutip dari :
